Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) Pekanbaru dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 2 Tahun 1997 tentang Pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara Banda Aceh, Pengadilan Tata Usaha Negara Pekanbaru, Pengadilan Tata Usaha Negara Jambi, Pengadilan Tata Usaha Negara Bengkulu, Pengadilan Tata Usaha Negara Palangkaraya, Pengadilan Tata Usaha Negara Palu, Pengadilan Tata Usaha Negara Kendari, Pengadilan Tata Usaha Negara Yogyakarta, Pengadilan Tata Usaha Negara Mataram, dan mulai beroperasi sejak tanggal 29 Oktober 1998.
Terbentuknya PTUN Pekanbaru tidak dapat dilepaskan dari proses pembentukan Peradilan Tata Usaha Negara (PERATUN) di Indonesia, yang berawal dari lahirnya Undang-Undang (UU) Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara. Bahwa meskipun Undang-Undang Peratun tersebut telah diundangkan pada tanggal 29 Desember 1986, namun peradilannya baru dibentuk dan beroperasi setelah lima tahun kemudian. Hal mana disebutkan di dalam Bab VII Ketentuan Penutup, Pasal 145 beserta penjelasannya yang berbunyi sebagai berikut :
“Lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara ini merupakan lingkungan peradilan yang baru, yang pembentukannya memerlukan perencanaan dan persiapan yang matang oleh Pemerintah mengenai prasarana dan sarana baik materiil maupun personil. Oleh karena itu pembentukan pengadilan di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara tidak dapat dilakukan sekaligus tetapi secara bertahap.
Setelah Undang-undang ini diundangkan, dipandang perlu Pemerintah mengadakan persiapan seperlunya.
Untuk mengakomodasikan hal tersebut maka penerapan Undang-Undang ini secara bertahap dalam waktu selambat-lambatnya lima tahun sejak Undang-Undang ini diundangkan diatur dengan Peraturan Pemerintah”.
Sesuai dengan amanat UU No.5 Tahun 1986 tersebut, maka pada tahun 1991 Pemerintah menerbitkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 7 Tahun 1991 tentang Penerapan UU No.5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara, yang diundangkan pada tanggal 14 Januari 1991. Terbitnya PP No.7 Tahun 1991 tersebut sekaligus merupakan awal beroperasinya PERATUN di Indonesia, sehingga untuk menandai tonggak sejarah tersebut maka tanggal 14 Januari dijadikan sebagai HUT Peratun yang diperingati setiap tahun oleh segenap jajaran PERATUN di seluruh Indonesia.
Pada awal beroperasinya PERATUN, waktu itu baru terbentuk 5 (lima) Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) di Indonesia yang ditetapkan berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) No.52 Tahun 1990 yakni : PTUN Jakarta, PTUN Medan, PTUN Palembang, PTUN Surabaya dan PTUN Ujung Pandang. Sedangkan untuk tingkat banding baru terbentuk 3 (tiga) Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara (PT-TUN) berdasarkan UU No.10 Tahun 1990, yaitu PT-TUN Jakarta, PT-TUN Medan dan PT-TUN Ujung Pandang. Dalam perkembangannya hingga saat ini (tahun 2020), telah terbentuk dan beroperasi sebanyak 4 (empat) PT-TUN dan 34 (tiga puluh empat) PTUN di seluruh Indonesia.